Konohamaru y sus amigos ven como Konoha es destruida por una invocación, pero el confía en Naruto. Konohamaru escucha unos gritos y ve que un Pain está atacando a dos ninjas, el genin decide escapar pero se golpea con un poste, percatándose de su presencia el enemigo. Cuando se dirige hacia Konohamaru, aparece Ebisu. Ebisu no es rival para Pain (Jigokudō). Konohamaru no sabe que hacer. El cuerpo de Pain agarra a Ebisu y pregunta el paradero de Naruto, pero este recuerda que es un gran ninja de Konoha. Konohamaru al escuchar las palabras de su maestro decide luchar contra Pain-Jigokudō- que también derrota a Konohamaru, cuando está por acabar con el ninja, se da cuenta que es un clon, Konohamaru aparece y ataca con un Rasengan.
