Dixon y Sydney han de emplearse a fondo para evitar la muerte del Nobel de la Paz, incluyendo la conducción temeraria y la cirugía de urgencia en una ambulancia perseguida por la persona que posee el detonador de la bomba instalada en su corazón. Will consigue reunirse con Kate Jones, la mujer con la cual Danny iba a viajar a Hong Kong la noche de su muerte. Kate reconoce que tenía una aventura con Danny y que pensaban pasar un tiempo juntos en Hong Kong. Pero Will la sorprende cuando dice que según sus datos oficiales, ella debería estar muerta desde 1973, por lo que Kate sale corriendo. La nueva misión de Sydney y Dixon les lleva a Berlín donde deben contactar con Jeroen Schiller, un microbiólogo con información importante sobre la guerra biológica, e introducirle discretamente en el territorio de los Estados Unidos. La contramisión de la CIA para Sydney conlleva sustituir a Schiller por Paul Kelvin, con el que guarda gran parecido, para que el SD-6 no obtenga tan valiosa información. Ya en Los Angeles, Kelvin introduce un troyano en el ordenador del SD-6 mientras se hace pasar por Schiller. Pero cuando es interrogado por Sloane, queda claro que no sabe todo lo que se supone que Schiller debería saber, de modo que Sloane comienza a sospechar. Las sospechas se agravan cuando en el informe de la misión observa que Sydney cambió el lugar de encuentro con Dixon. Por si esto fuera poco, el verdadero Schiller se niega a colaborar con la CIA, pensando que son el enemigo y no accede a las peticiones de Sydney de información para Kelvin. Al final Jack consigue obtener la información lo cual salva la piel de Kelvin en el último momento: la planta biológica se encuentra en Alemania. El SD-6 ordena a Dixon y Sydney que vuelen la planta mientras que la CIA da la contraorden a Syd de que recupere los inhaladores para su estudio. Vaughn informa a Sydney de algo desagradable: su padre fue investigado en el pasado por el FBI, lo cual podría significar que se dedique a vender secretos clasificados a otros países. En Badenweiler, Sydney consigue inutilizar el detonador de Dixon para evitar la destrucción de la fábrica. Pero Dixon saca un segundo detonador y lo activa, para la sorpresa de Sydney, y la fábrica, con los detonadores y los agentes de la CIA en su interior, es destruida...
