I säsongens inledning tar jakten på Laura Palmers mördare plötsligt en helt ny vändning för specialagent Dale Cooper. När han återvänder till Great Northern Hotel blir han skjuten av en okänd angripare. Han överlever överfallet... och får nya, bisarra ledtrådar om mordet på Laura av den jätte som dyker upp medan han vaknar till liv. Efter en brand på sågverket är flera invånare - och möjliga gärningsmän - försvunna. Dessutom hittar man Laura Palmers hemliga dagbok... med avslöjanden som gör sig bäst över en varm kopp kaffe på stamcaféet. Cooper sätts under utredning när han stängs av från FBI efter sin osanktionerade razzia mot casinot One-Eyed Jacks. Trots detta hittar Cooper några ledtrådar som kan avslöja vem som sköt honom. Och med hjälp av sheriff Harry S. Truman, försöker Cooper lösa Black Lodges gåta... något som kan komma att bidra till att mörka hemligheter bubblar upp till ytan just som staden förbereder sig för den stora tävlingen "Miss Twin Peaks".
