W roku 2040 Neuro-synchronizacja, czyli technologia, która pozwala ludziom na manipulowania swoimi pięcioma zmysłami, stała się powszechna w miejscach, gdzie tylko można się połączyć z Internetem i wkroczyć do wirtualnego świata. Haruyuki "Haru" Arita to niski, gruby chłopiec, który ma niską samoocenę. Aby uciec od męki prawdziwego życia, loguje się do szkolnej sieci, gdzie sam może pograć w squasha i gdzie zawsze zdobywa najlepszy wynik. Pewnego dnia Haru przykuwa uwagę wiceprzewodniczącej Rady Studenckiej, Kuroyukihime, która oferuje mu możliwość dołączenie do tajemniczego programu o nazwie Brain Burst, który pozwala osobie na efekt zatrzymania czasu w jej otoczeniu przez "przyśpieszenie" jej fal mózgowych w prawdziwym świecie. Niestety, jest limit. Aby móc więcej razy użyć Brain Burst należy zdobyć specjalne punkty, walcząc z innymi użytkownikami programu. Jednakże, jeżeli użytkownik przegra i straci wszystkie punkty, program Brain Burst usuwa go i jego wspomnienia o programie. Kuroyukihime potrzebuje pomocy Haru, aby osiągnąć 10 poziom i spotkać się z twórcą Brain Burst, a także poznać prawdziwy cel programu. Aby tego dokonać, musi pokonać pięciu użytkowników z 9 poziomem, którzy należą do "Sześciu króli czystej barwy" - liderów sześciu najpotężniejszych frakcji w świecie Brain Burst. W zamian oferuje nie tylko możliwość spłacenia jej, ale też pomoc w walce z jego słabościami.
