In het Pokémon Center in Lavender Town hoort Red praten over een spook in de Pokémon Tower en hij besluit op onderzoek uit te gaan. Voordat hij dat doet, krijgt hij het advies een bezoek te brengen aan het Pokémon House. Daar hoort hij over de beproeving van een baby Cubone door toedoen van een kwaadaardige organisatie die bekend staat als Team Rocket. Wie zijn deze schurken en wat zit er achter het spoken in de Pokémon Tower?
