Le 21 octobre 1941 trois activistes appartenant aux "Bataillons de jeunesse" du Parti communiste abattent le lieutenant-colonel Karl Hotz dans le centre de Nantes. En représailles, Hitler exige aussitôt l'exécution de 150 Français. A Paris, à la Kommandantur, le général en chef von Stülpnagel va tout tenter pour réduire le nombre des exécutions exigées par le Führer. L'officier Ernst Jünger par ailleurs écrivain et philosophe, est chargé par son général de noter, heure par heure, les événements. A Châteaubriant, le sous-préfet est chargé de désigner les otages du camp de Choiseul qui seront fusillés. Parmi les prisonniers, le jeune Guy Môquet. La mer à l’aube est le récit des quelques heures qui séparent l’attentat de l'exécution des otages français, marionnettes suspendues aux fils d'une machine impitoyable qui ne fonctionne qu'à force d'obéissance.
