Vzdálená budoucnost, rok 5012. Náhlá letecká invaze mimozemšťanů a jejich výtvorů, strojových forem života, přivedla lidstvo na pokraj zániku. Přeživší lidé, kteří našli útočiště na Měsíci, zorganizují s pomocí androidích vojáků protiútok, aby získali Zemi zpět. Válka se však zastaví, protože formy života strojů se neustále množí. Na oplátku lidstvo nasadí novou jednotku androidních vojáků jako ultimátní zbraň: YoRHa. 2B je nově vyslán na Zemi a připojuje se k analytikovi 9S, který je zde umístěn, a během své mise se setkává s řadou záhadných jevů... Toto je příběh těchto androidů bez života a jejich nekonečného boje o lidskost.
